Die vorhandenen Elektronenmikroskope werden innerhalb der Core Facility für verschiedene Forschungs- und Anwendungszwecke genutzt. Entsprechend der jeweiligen Anwendungsbereiche stehen unterschiedliche Probenvorbereitungsgeräte zur Verfügung und verschiedene etablierte Methodenworkflows. Beides steht den Nutzern der Core Facility zur Verfügung, unterstützt durch die methodische und wissenschaftliche Expertise des Personals der Member Labs der Core Facility.