Tutorial für effiziente und reproduzierbare Messungen in FIJI (PDF).

Tutorial zum Auslesen von Bildmetadaten und Hinzufügen eines Maßstabsbalkens (PDF).

Tutorial (PDF) und Beispieldatei

Tutorial zum Erzeugen von Dateilisten via Befehlszeile (PDF)

Das PDF erklärt, wie die hier aufgeführten Makros in FIJI installiert werden können.

Das Macro “Generate_folder_structure.py“ in FIJI generiert an einem durch den User bestimmten Speicherort einen Projektordner mit den Unterordnern: analyses_code; figure_plates; manuscript; processed_data; raw_data; readme_files & submission.

Das Macro „Generate_folder_and_subfolder.py“ in FIJI generiert an einem durch den User bestimmten Speicherort einen Ordner mit einer zu definierenden Anzahl an Unterordnern, für die im Macro auch die Namen abgefragt werden. Es lassen sich so Templateordner z.B. für die Organisation von Projektdaten generieren.

Das Macro „Generate_file_list_add_columns.py“ ermöglicht es aus FIJI heraus, einen Ordner mit Bildern auszuwählen und eine csv-Datei zu erstellen, in der die Bildnamen aufgelistet sind, und zusätzliche Spalten mit statischen Werten hinzuzufügen. Es ermöglicht auch das Speichern und Laden von Vorlagen (im JSON-Format) für solche zusätzlichen Spalten.

Das Skript „edx_spectrum_processor.py“ ermöglicht es via Python, einen gesamten Ordner voller Rohdaten von EDX-Punktmessungen (aus der Software AZTEC (Oxford)) im .txt Format auszulesen und gebündelt in eine CSV-Datei zu schreiben. Das Skript prüft auf etwaige Leerzeichen im Dateinamen (z.B. Spektrum 1.txt) und korrigiert diese. Es wird weiterhin eine zweite CSV Datei generiert, die für jedes Spektrum die von der Software automatisch erkannten Spektrumpeaks enthält.

Angepasst werden muss im Skript der spezifische Dateipfad zu dem Ordner mit den TXT-Dateien, sowie der gewünschte Ordner für den Output (Zeile 50 & 84). 

Die CSV-Dateien können dann im Folgenden dazu verwendet werden die Daten effizient in Python oder R in einem einheitlichen standardisierten Format zu plotten (und wenn gewünscht auch die detektierten Elemente zu labeln). 

Wo kann ich FIJI herunterladen?

Die jeweils aktuelle Version für das entsprechende Betriebssystem kann hier heruntergeladen werden.

Gibt es ein User-Manual zu ImageJ / FIJI?

Über das Suchfenster können einzelne Tools sowie auch weitere Informationen dazu abgerufen werden, abenso über die Hilfe Funktion. Es gibt aber weiterhin auch ein Training manual zu FIJI welche viele grundlegende Funktionen im Detail erklärt.

Ist ein Batch-Export der Bilder aus Array-Tomography (2D) Sessions möglich?

Dies ist derzeit leider so nicht in der Software vorgesehen.