Ich habe mir ein ImageJ-Makro geschrieben zur Quantifizierung der (grünen) Blattfläche. Man kann einen Quell-Ordner wählen in dem die Bilder sind (habe es im Moment auf JPEGs spezifiziert, aber das könnte man anpassen) und einen Zielordner in dem die prozessierten Bilder gespeichert werden sollen. Das kleine Progrämmchen prozessiert dann alle Bilder im Quellordner und speichert sie mit gleichem Namen in den Zielordner. Was passiert ist dass jedes Bild von ImageJ in die drei Farbkanäle gespalten wird, der blaue Kanal wird verworfen und der rote vom grünen Kanal subtrahiert. Damit wird man den Hintergrund los (Erde, Töpfe etc). Das Bild wird dann automatisch in ein binäres schwarz/weiß Bild konvertiert und das ist das Ergebnis, das abgespeichert wird. Anschließend kann man einfach mit einem einzigen Klick die schwarz eingefärbte Blattfläche bestimmen (Pixelzählung). Das reduziert den Arbeitsaufwand bei 30 Pflanzen von ca. 3 Tagen (die bisherige Methode war, die Blattfläche in Photoshop händisch(!) zu umranden) auf 30 Klicks. Man kann das Makro auch in ImageJ "installieren" sodass es im Dropdown-Menü in ImageJ selbst erscheint.