Neu ausgegraben wurden in der bereits von Schliemann und Dörpfeld freigelegten Zitadelle die frühen Phasen von Troia II aus der Zeit zwischen Troia I und dem Bau der großen Megara, ein Megaron aus Troia II-III, ein Stück des wenig bekannten Troia V und an der Burgmauer Häuser aus Troia VII. Hier tauchte 1995 der erste und bisher einzige bronzezeitliche Schriftfund auf, ein bikonvexes Siegel mit luwischen Hieroglyphen. In der südlichen Fortsetzung des Schliemanngrabens konnte nachgewiesen werden, dass sich die frühbronzezeitliche Besiedlung außerhalb der Burgmauern von Troia II fortsetzt.
Mit geophysikalischer Prospektion (Magnetik, Bodenradar, elektrischer Widerstand) wurden große Flächen auf dem Plateau südlich und östlich der Burg untersucht. Damit wurde nicht nur der Stadtplan des hellenistisch-römischen Ilion nachgezeichnet, sondern bereits 1992 eine lineare Anomalie vierhundert Meter südlich der Burg entdeckt, die sich bei der anschließenden Grabung als ein spätbronzezeitlicher, in den Felsen geschlagener Verteidigungsgraben entpuppte. Bis heute konnte dieser Graben, der das Plateau südlich der Burg umschließt, auf fast einen Kilometer Länge nachgewiesen werden. In seinem Verlauf wurden zwei Tore ausgegraben. Darüber hinaus wurde ein weiterer, weiter außen liegender und wahrscheinlich etwas jüngerer Graben entdeckt. Zusammen mit punktuellen Aufschlüssen aus Grabungen im ganzen Stadtgebiet und den Ergebnissen eines Surveys (einer systematischen Aufsammlung der an der Oberfläche liegenden Funde) weiß man nun, dass die spätbronzezeitliche Burg von Troia von einer mehr als dreißig Hektar großen befestigten Außensiedlung, einer „Unterstadt“, umgeben war. Dieses Areal war wohl zur Gänze bewohnt, wenn auch bisher nur wenige, aber dicht aneinander gebaute Häuser nahe der Zitadelle nachgewiesen wurden. Da aber der die Unterstadt umgebende Graben gegen Ende der Troia VI Periode verfüllt und weiter nach außen verlegt wurde, liegt es nahe zu vermuten, dass der Raumbedarf wuchs.
An mehreren Stellen wurde die Unterstadt unmittelbar außerhalb der Burgmauer von Troia VI untersucht, von der Nordostbastion im Osten bis zur großflächigen Ausgrabung unter dem griechisch-römischen Heiligtum im Westen. Überall kamen spätbronzezeitliche Häuser, an einer Stelle auch Gräber, zum Vorschein. Besonders eindrucksvoll ist das Terrassenhaus aus Troia VIIa im Westen. Hier kamen auch reiche Funde zu Tage, unter anderem eine Statuette und ein Gefäß in Form eines Stieres, die es sogar möglich erscheinen lassen, dass an der Stelle des späteren Heiligtums bereits in der Bronzezeit kultische Handlungen stattfanden. Vor allem die Untersuchung der Keramik an diesem Ort legt nahe, dass Troia nach dem Ende der Bronzezeit nie völlig verlassen war. Bisher war man von einer etwa vierhundert Jahre dauernden Unterbrechung der Besiedlung ausgegangen.
Etwa auf halbem Weg zwischen dem Graben und der Burg wurde bereits in der Frühbronzezeit eine Befestigung errichtet. Es handelt sich um die in den Felsen geschlagenen Unterbauten einer Doppelpalisade, eines „Bollwerks“, aus Troia II. Somit ist auch die Existenz einer frühbronzezeitlichen Unterstadt nachgewiesen. Außerhalb der Zitadelle konnten aus dieser Periode Hausreste mit reichem Fundinventar untersucht werden.
