Neben den vielfältigen Forschungsaktivitäten der einzelnen Wissenschaftler:innen im Rahmen ihrer Stellenprofile gibt es eine Reihe von Einzelprojekten am Deutschen Seminar, die durch Drittmittel gefördert werden – siehe hierzu die Forschungsseiten der Abteilungen Linguistik, Mediävistik und Neuere deutsche Literaturwissenschaft.
Darüber hinaus ist das Deutsche Seminar am SFB 1391 Andere Ästhetik, gefördert durch die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG), beteiligt und stellt auch dessen Sprecherin. Zudem wirkt das Deutsche Seminar an einem durch das Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst Baden-Württemberg (MWK-BW) geförderten Verbund (TEIFUN), einem durch das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) geförderten Verbund (WR-AI-TING) sowie an mehreren Forschungszentren mit (s. u.). Einen weiteren Schwerpunkt bildet die Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses.