Köhler H-R, Alberti G (1993-1996): Etablierung und Anwendung eines kombinierten Testsystems zur Beurteilung der Toxizität umweltrelevanter Schadstoffe in Böden. Bundesministerium für Forschung und Technologie der Bundesrepublik Deutschland (BMFT)
Köhler H-R (1994-1996): Biochemical Fingerprint Techniques as Versatile Tools for the Risk Assessment of Chemicals in Terrestrial Invertebrates (BIOPRINT, coordinator: JE Kammenga). Europäische Union (EU)
Köhler H-R, Bengtsson G (1994-1996): Molekulare Ausprägungen von Metallresistenzen bei wirbellosen Bodentieren. Deutscher Akademischer Austauschdienst (DAAD)
Köhler H-R, Bengtsson G (1994-1995): Molecular Expressions of Metal Resistance in Soil Invertebrates. European Environmental Research Organization (EERO)
Köhler H-R, Zanger M, Alberti G (1994-1995): Anwendung eines farbanalytischen Biotests auf der Basis von Pigmenten bei Diplopoden zur Beurteilung der Schadstoffbelastung von Böden. Kernforschungszentrum Karlsruhe, Projekt Wasser, Abfall, Boden (PWAB)
Braunbeck T, Köhler H-R (1995-1996): Validierung und Einsatz biologischer, chemischer und mathematischer Tests zur Bewertung der Belastung kleiner Fließgewässer (VALIMAR, Koordinatorin: R. Triebskorn). Molekulare, biochemische und In-vitro-Biomarker. Bundesministerium für Bildung, Wissenschaft, Forschung und Technologie der Bundesrepublik Deutschland (BMBF)
Köhler H-R, Ammermann D (1996-1997): Validierung und Einsatz biologischer, chemischer und mathematischer Tests zur Bewertung der Belastung kleiner Fließgewässer (VALIMAR, Koordinatorin: R. Triebskorn). Molekulare Streßreaktion in vivo und in vitro. Bundesministerium für Bildung, Wissenschaft, Forschung und Technologie der Bundesrepublik Deutschland (BMBF)
Köhler H-R (1996-1999): Application and Standardization of Biochemical Fingerprint Techniques in View of the Risk Assessment of Toxicants in Soil Ecosystems (BIOPRINT II, coordinator: JE Kammenga). Europäische Union (EU)
Köhler H-R, Ammermann D (1997-2000): Validierung und Einsatz verschiedener biologischer Tests und Biomarkerstudien sowie Anwendung chemischer und mathematischer Methoden zur Bewertung der Belastung kleiner Fließgewässer mit Umweltchemikalien. (VALIMAR, Koordinatorin: R. Triebskorn). Phase II: Induktion von Streßproteinen als Biomarker subletaler Belastungen. Bundesministerium für Bildung, Wissenschaft, Forschung und Technologie der Bundesrepublik Deutschland (BMBF)
Triebskorn R, Köhler H-R (1998): Vermeidung von Streßfaktoren bei Zierfischen. TETRA-Werke Dr. rer. nat. Ulrich Baensch GmbH, Melle, Deutschland
Köhler H-R, Connock MJ (1998-1999): Mannosomes - the role of a unique cell organelle in slugŽs response to chemical stressors" Deutscher Akademischer Austauschdienst (DAAD)
Triebskorn R, Köhler H-R (1998-1999): Der Einfluß unterschiedlicher Ernährung auf die Wirkung von Streßfaktoren bei Zierfischen. TETRA-Werke Dr. rer. nat. Ulrich Baensch GmbH, Melle, Deutschland
Köhler H-R (1999-2002): Selektion von Toleranzmechanismen bei wirbellosen Bodentieren in der Folge von Langzeitexpositionen gegenüber Belastungen mit Schwermetallen. Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG), Normalverfahren.
Nagel R, Triebskorn R, Köhler H-R (2000-2003): Umweltchemikalien mit Wirkung auf das Hormonsystem: Wirkung von Xenohormonen in aquatischen Ökosystemen: Effektmonitoring und Wirkmechanismen bei Gammariden (XEHOGAMM). Umweltbundesamt der Bundesrepublik Deutschland (UBA)
Wengert M, Triebskorn R, Köhler H-R (2002-2003): Einfluß komplexer Belastung in der Steinlach bei Tübingen auf die Entwicklung von Forellen und Bachflohkrebsen. Stiftung Landesbank Baden-Württemberg
Köhler H-R (2004): Monitoring of pollution in a Danube tributary (Mures-Tisza-system) using biomarkers and ecological indicators. Internationale Arbeitsgemeinschaft Donauforschung (IAD) und EAWAG, Zürich, Schweiz
Köhler H-R (2004-2009): Novel Methods for Integrated Risk Assessment of Cumulative Stressors in Europe (NOMIRACLE, coordinator: H Løkke). Europäische Union (EU)
Köhler H-R (2006-2007): Thermotoleranz, Stressproteininduktion und morphologische Variabilität - Die Verbindung von Ökophysiologie und Mikroevolution bei der Schnecke Theba pisana. Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG), Normalverfahren
Köhler H-R (2010-2012): Temperaturstress, morphologische und genetische Variation: Ökophysiologie und Mikroevolution bei mediterranen Landschnecken. Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG), Normalverfahren