Die Puppet-Konfiguration ist modular aufgebaut. Für die Grundkonfiguration aller Rechner existieren Puppet-Module, die zentral von puppet-admin verwaltet werden. Die arbeitsbereichspezifische Konfiguration wird durch weitere, vordefinierte Module abgedeckt, die vom Department-Admin an die Gegebenheiten des jeweiligen Arbeitsbereichs angepasst werden müssen. Die unten stehende Abbildung zeigt beispielhaft die Puppet-Module des Lehrstuhls Algorithmen der Bioinformatik (AB), wobei $pp für den Pfad /afs/wsi/wsi/git-environment/puppet steht. Für alle anderen Arbeitsbereiche sind analog aufgebaute Puppet-Module vorgesehen.
Module
Die arbeitsbereichspezifische Konfiguration für AB wird in den drei Puppet-Modulen ab_baseconfig, ab_desktopconfig und ab_serverconfig abgebildet. Im Modul ab_baseconfig (1) stehen Konfigurationsdirektiven, die von allen Nodes benötigt werden. Das Modul ab_serverconfig (2) enthält serverspezifische Einstellungen. Das Modul ab_desktopconfig (3) enthält zusätzliche Einstellungen für X11/Gnome. Soll ein Client in einigen Punkten anders konfiguriert werden, als dies im Server- oder Desktop-Modul festgelegt ist, lässt sich dies durch case- oder if-Statements im entsprechenden Modul realisieren. Alle Module enthalten eine einzelne Datei für jede Linux-Distribution – in diesem Beispiel Ubuntu und Scientific Linux (SL). Nicht jede Datei muss zwingend Konfigurationsdirektiven enthalten, es dürfen auch leere Dateien vorhanden sein.

Nodes und Templatenodes
Alle Rechner des Lehrstuhls AB sind in der Datei /afs/wsi/wsi/git-environment/puppet/etc/manifests/nodes/ab_nodes.pp eingetragen und erben entweder von der Template-Node ab_servernode (5) oder von der Template-Node ab_desktopnode (6). Die Template-Node ab_basenode (4) sollte nicht instanziiert werden. Es ist möglich, in der Datei ab_nodes.pp Konfigurationsdirektiven unterzubringen, die ausschließlich für einen bestimmten Client gelten sollen. Übersichtlicher bleibt die Puppet-Konfiguration jedoch, wenn dies mit Hilfe von Bedingungen (if- und case-Statements) in den Modulen geschieht (s.o.).
Weitere Informationen zur Puppet-Konfiguration und insbesondere eine tabellarische Übersicht, welche Dateien von den Department-Admins editiert werden müssen, finden sich unter Puppet im Detail.