Exzellenzcluster – Maschinelles Lernen für die Wissenschaft
Klinische Bioinformatik
Prof. Dr. Manfred Claassen
W3-Cluster-Professur für „Maschinelles Lernen in der Wissenschaft“ an der Medizinischen Fakultät der Universität Tübingen Prof. Claassen ist Mitglied in unserem Cluster und und wird mit Clustermitteln für ein Forschungsprojekt unterstützt.
Forschungsschwerpunkte
Manfred Claassens Forschung konzentriert sich darauf, erklärbare quantitative Modelle in der Systemmedizin aus hochdimensionalen Einzelzell-Omik-Daten zu erlernen. Der Gesundheits- und Krankheitszustand multizellulärer Organismen hängt entscheidend von seltenen Zellpopulationen ab, wie etwa hämatopoetischen Stammzellen oder tumorinitiierenden Zelluntergruppen. Das Claassen Lab entwickelt Repräsentations-Lernansätze zur Identifizierung von krankheitsassoziierten Zelluntergruppen, die letztlich vergleichende Einzelzellstudien ermöglichen, z.B. zur Vorhersage der Immuntherapieantwort beim Melanom oder zur Diagnose der Multiplen Sklerose und zum Nachweis räumlicher Gewebedeterminanten bei Krankheitsassoziationen. Ein besonderer Schwerpunkt liegt auf dynamischen Prozessen, die zunehmend durch hochdimensionale Einzelzell-Momentaufnahmen untersucht werden. Solche Messungen ermöglichen die Beurteilung von Zellpopulations-Verteilungen und deren Veränderung über die Zeit. Wir entwickeln Ansätze des maschinellen Lernens zur Beschreibung dieser Entwicklung und haben in der Vergangenheit beigetragen zu Sparse Regression, probabilistischer graphischer Modellierung, überwachtem Lernen, überwachte Pseudozeit- und Operator Aapproximationsansätze für die Einzelzell-Omik-Zeitreihenanalyse.
