Die Struktur von TüSE Research lässt sich entlang von drei Formen der forschungsbezogenen Kooperation und Förderung beschreiben.
Linie 1 umfasst alle ausschreibungsbezogenen Kooperationen udn Projekte. Relevante Auschreibungen werden sondiert,  die vorhandene Expertise aus Bildungswissenschaften, Fächern und Fachdidaktiken koordiniert und integriert bis zur fertigen gemeinsamen Antragstellung.
Die gemeinsamen Projekte werden sowohl von der TüSE als von den Akteuren aus Bildungswissenschaften, Fächern und Fachdidaktiken geleitet und durchgeführt.

Laufende Projekte von TüSE Research 

• DiA:Net - Digitale Medien im adaptiven Unterricht (Leitung Prof. Dr. Andreas Lachner, TüCeDE, Prof. Dr. Thorsten Bohl,  TüSE)
• Global Awareness for Future Teachers (Leitung: Prof. Dr. Thorsten Bohl)  
• MINT-ProNeD - Professionelle Netzwerke zur Förderung adaptiver, prozessbezogener digital-gestützter Innovationen in der MINT-Lehrpersonenbildung (Leitung: Prof. Dr. Andreas Lachner, TüCeDE)

• UNI-T European Civic Teacher Academy (Prof. Dr. Thorsten Bohl)