FDM für die Lebenswissenschaften
Methoden, Werkzeuge und Vorgehensweise des Forschungsdatenmanagement (FDM) können sich je nach Fachsiziplin voneinander unterscheiden. Unterschiedliche Datentypen benötigen verschiedene Lösungen. Je nach Fachgebiet gibt es eigene Standards oder Empfehlungen, die auf den Anforderungen der spezifischen Daten sowie Forschungsprozesse basieren.
Nachfolgende Informationen sind daher speziell für Forschende der Lebenswissenschaften zusammengestellt.
Ansprechpartner am UKT
Für die Lebenswissenschaften
Forschende an der Medizinischen Fakultät finden am Department für Informationstechnologie und Angewandte Medizininformatik Unterstützung zum Thema Datenspeicherung und -management. Zu diesem gehören die beiden nachfolgenden Bereiche:
Geschäftsbereich IT (GB-IT)
Der Geschäftsbereich Informationstechnologie (GB-IT) bündelt alle IT-Angelegenheiten des UKT und bietet Expertise und Infrastruktur im Themenbereich Datenspeicherung.
GB-IT
IT-Service-Desk@med.uni-tuebingen.de
+49 7071 29-81081
Medical Data Integration Center (meDIC)
Das Medical Data Integration Center (meDIC) entwickelt innovative IT-Lösungen für die Lebenswissenschaften. Als Datenintegrationszentrum (DIZ) im Rahmen von DIFUTURE bzw. der Medizininformatik-Initiative (MII) bietet es verschiedene Services im Bereich Datenmanagement an.
meDIC
medic.info@medizin.uni-tuebingen.de
+49 7071 29-84335
Core Facilities
für die Lebenswissenschaften
Core Facilities bieten eine übergreifende aber dennoch fachbezogene sowie individuelle Beratung zum Thema FDM und eignen sich daher als erste Anlaufstellen:
QBiC
Das Zentrum für Quantitative Biologie (QBiC) berät Natur- und LebenswissenschaftlerInnen bei Fragen zum Management ihrer spezifischen Forschungsdaten. Die Core Facility bietet zudem verschiedene Dienstleistungen an, z.B. Generierung und Analyse von Hochdurchsatzdaten und hat sich auf Bioinformatik und Omics-Technologien spezialisiert.
QBiC
support@qbic.zendesk.com
+49 7071 29-72163
NFDI-Konsortien
für die Lebenswissenschaften
NFDI-Konsortien bieten fachspezifische Services und Informationen zum Thema FDM. Für zusätzliche, disziplinspezifische Beratung sind sie geeignete Ansprechpartner:
Mit Tübinger Beteiligung
DataPLANT
Das Konsortium DataPLANT befasst sich mit Datenmanagement der Pflanzen-Grundlagenforschung. Es bietet daher Expertise für alle Disziplinen, die innerhalb der Biologie oder ähnlicher Fachbereiche an Pflanzen forschen.
GHGA
Das Deutsche Humangenom-Phänomarchiv (GHGA) ist ein Konsortium für alle Lebenswissenschaften, die sich mit menschlichen Genomdaten befassen. Dies betrifft vor allem Forschende in biomedizinischen Disziplinen.
NFDI4Immuno
NFDI4Immuno bietet Infrastruktur und Expertise für Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler der immunologischen Forschung. Dies kann sich sowohl auf menschliche als auch auf tierische Immunologie beziehen.
NFDI4BIOIMAGE
Das Konsortium NFDI4BIOIMAGE fokussiert sich auf biologische Bilddaten und Bildanalyse. Im Zentrum dabei stehen (Licht-)Mikroskopie und Bioimage-Informatik.
Weitere Konsortien
NFDI4Health
Das Konsortium NFDI4Health ist auf personenbezogene Gesundheitsdaten spezialisiert. Hierbei liegt der Fokus auf epidemiologischen, Public Health- und klinischen Studiendaten.
NFDI4Microbiota
Bei NFDI4Microbiota liegt der Fokus auf der Mikrobiologie. Das Konsortium konzentriert sich hierbei im Besonderen auf Omics-Daten. Forschende der Biowissenschaften finden hier Services und Expertise.
Forschungsprojekte zum FDM
in den Lebenswissenschaften
FDM-Strukturen und -Services werden und wurden in zahlreichen Forschungsprojekten entwickelt und genutzt. An den folgenden Projekten sind und waren Tübinger Forschende beteiligt.
Je nach Art der eigenen Forschungsdaten können in den Projekten entwickelte Tools und/oder Expertise beim Datenmanagement hilfreich sein:
binAC
Forschungscluster Bioformatik und Astrophysik
Das BinAC - Forschungscluster Bioinformatik und Astrophysik ist Teil der bwHPC Initiative (High Performance Cloud Computing). BinAC wurde von 2016 bis 2021 durch die DFG und das Land Baden-Württemberg gefördert.
Ziel des Konzeptes ist es, Forschenden für ihre Disziplinen optimierte HPC-Ressourcen, bestehend aus Hardware, Software und Support zur Verfügung zu stellen.
BioDATEN
Forschungsdatenzentrum
Seit 2019 werden vom Land Baden-Württemberg vier Forschungsdatenzentren gefördert. Innerhalb der Datenzentren sollen Forschende eng mit Rechenzentren und Bibliotheken zusammenarbeiten, um den Zugang und die Nutzung von digitalen Datenbeständen zu ermöglichen.
BioDATEN - Bioinformatics Data Environment ist eines dieser vier Zentren, das von 2019 - 2023 gefördert wurde. Ziel war es, bioinformatische Workflows über den gesamten Lebenszyklus der Daten zu unterstützen. Dies erleichtert den Zugriff auf die verschiedenen, voneinander unabhängigen Infrastrukturen auf regionaler, nationaler und internationaler Ebene.
IMeRa
Virtuelle Forschungsumgebung
Virtuelle oder digitale Forschungsumgebungen sind Arbeitsplattformen, die dazu entwickelt wurden, es Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern zu ermöglichen, an unterschiedlichen Standorten gleichzeitig gemeinsam zu Forschen.
IMeRa - Integrated Mobile Health Research Platform ist eine virtuelle Forschungsumgebung (VFU) für die Lebenswissenschaften, im speziellen für forschungs- und patientenbezogene Daten, die über mobile Endgeräte erhoben, bereitgestellt und abgefragt werden.
INF-Projekt
TRR 356 Genetische Diversität
Informationsmanagement und Informationsinfrastruktur in Sonderforschungsbereichen (INF) kann als Teilprojekt bei Sonderforschungsbereichen (SFB) oder SFB/Transregio (TRR) der DFG beantragt werden. Sie dienen dazu, projektspezifische Datenmanagementkonzepte zu entwickeln und umzusetzen sowie die dazugehörige Infrastruktur aufzubauen und zu betreiben.
Das INF-Projekt Virtual Environment for Research Data and Analysis (VERDA) im TRR 356 - Genetische Diversität ist in den Natur- und Lebenswissenschaften angesiedelt. Der TRR hat eine Laufzeit von 2023 bis 2026.
INF-Projekt
TRR 209 Leberkrebs
Informationsmanagement und Informationsinfrastruktur in Sonderforschungsbereichen (INF) kann als Teilprojekt bei Sonderforschungsbereichen (SFB) oder SFB/Transregio (TRR) der DFG beantragt werden. Sie dienen dazu, projektspezifische Datenmanagementkonzepte zu entwickeln und umzusetzen sowie die dazugehörige Infrastruktur aufzubauen und zu betreiben.
Das INF-Projekt Standardisiertes Biobanking, Bewertung menschlicher Proben- und Modellsysteme, Datenbanken, Bioinformatik im TRR 209 - Leberkrebs war in den Lebenswissenschaften angesiedelt. Der TRR hatte eine Laufzeit von 2017 bis 2022.
GDI
European Genomic Data Infrastructure
GDI - European Genomic Data Infrastructure ist ein von der EU und vom BMBF gefördertes Projekt in den Lebenswissenschaften mit einer Förderlaufzeit von 2022 bis 2026.
Das Projekt soll 22 Länder zusammenbringen um ein staatenübergreifendes Netzwerk von Genomdaten zu etablieren, das für Zwecke der biomedizinischen Forschung und personalisierten Medizin eingesetzt werden kann.
EOSC-Life
Building a Digital Space for the Life Sciences
EOSC-Life - Building a Digital Space for the Life Sciences war ein EU-gefördertes Projekt in den Naturwissenschaften im Fachbereich Biologie mit einer Förderlaufzeit von 2019 bis 2023.
Ziel war es, 13 europaweite biowissenschaftliche Forschungseinrichtungen im Europäischen Strategieforum für Forschungsinfrastrukturen zusammenzubringen, um einen offenen, digitalen, kollaborativen Raum für die biowissenschaftliche Forschung zu schaffen.
de.NBI
Deutsches Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur
de.NBI - Deutsches Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur war ein durch das BMBF gefördertes Projekt innerhalb der Bioinformatik mit einer Förderlaufzeit von 2014 bis 2021.
Ziel war die Bereitstellung von Bioinformatik-Services für Forschende der Lebenswissenschaften in Deutschland und Europa. Seit 2022 wird das de.NBI Netzwerk am Forschungszentrum Jülich weitergeführt.
DIFUTURE
Medizininformatik Konsortium
DIFUTURE - Medizininformatik Konsortium ist ein vom BMBF gefördertes Projekt in den Lebenswissenschaften. Die Förderlaufzeit war von 2018 bis 2021; von 2023 bis 2026 ist die Universität an einer Weiterführung in Modul 1A beteiligt.
Ziel war und ist es, Daten aus der Krankenversorgung gemeinsam unter strengen Datenschutzauflagen zu sammeln, um Therapiemöglichkeiten dadurch zukünftig verbessern zu können. Beteiligte Fachbereiche sind Medizin, Informatik, Biostatistik sowie Bioinformatik.
Im Folgeprojekt sollen die entwickelten Strukturen weiter ausgebaut, konsolidiert und mit vorhandenen Strukturen verknüpft werden. Partner vor Ort in Tübingen ist meDIC - Medizinisches Datenintegrationszentrum am Universitätsklinikum Tübingen (UKT).
ANOVAGET
Annotierung und Visualisierung genomischer und transkriptomischer Daten für Molekulare Tumorboards
ANOVAGET - Annotierung und Visualisierung genomischer und transkriptomischer Daten für Molekulare Tumorboards war ein Projekt innerhalb der Lebenswissenschaften, das von 2020 bis 2022 vom Land Baden-Württemberg gefördert wurde.
Ziel des Projekts war es, Software zur Analyse von Sequenzierungsergebnissen zu entwickeln, um Entscheidungen über unterschiedliche Therapieformen zu erleichtern.
IDEM
Integriertes digitales Einwilligungsmanagement für Klinik und Forschung
IDEM - Integriertes digitales Einwilligungsmanagement für Klinik und Forschung war ein Projekt in den Lebenswissenschaften mit einer Förderlaufzeit von 2021 bis 2022. Das Projekt wurde durch das Land Baden-Württemberg gefördert.
Ziel von IDEM war die Digitalisierung des Einwilligungsmanagements von Patientendaten. Einwilligungen von Patienten können so schneller und besser gefunden, sicher aufbewahrt und an Stellen innerhalb der Versorgungskette weitergegeben werden.
Weiterführende Informationen
