Fachgebiet von Dr. Michael Wachutka ist die Religions- und Geistesgeschichte Japans mit Forschungsschwerpunkten unter anderem in:

• Wechselbeziehung zwischen Alltagsreligion („Volksglauben“), Geisteskultur und nationaler Identität im Laufe der Geschichte
• Entwicklung, Beziehungsgeflecht, Persönlichkeiten und Selbstverständnis der „Nationalstudien“ Kokugaku, insbesondere in der Meiji-Zeit
• Kulturgeschichte des Umgangs mit Fabelwesen und phantastischen Phänomenen („Yōkai“)
• Mythologie und Kanonisierung klassischer Shintō-Schriften
• Ideengeschichte des Tennō-Systems