05.05.2020

Automatische Verknüpfung vom Genom zum Reaktom

Manuel Dienerts Ansatz zur automatischen Herleitung von Gen-Protein-Reaktions-Regeln

Manuel Dienert verteidigte erfolgreich seine Bachelorarbeit, in der er sich mit der Frage beschäftigt, wie sich Gen-Protein-Reaktions-Regeln (GPRs) für systembiologische Modelle beliebiger Organismen automatisch herleiten lassen. GPRs verknüpfen Gene mit Reaktionen und ermöglichen daher metabolische Analysen auf Genomebene. Dazu zählt beispielsweise die Vorhersage möglicher Phänotypen nach Gen-Knockouts.
Der erarbeitete Ansatz leitet für einen Teil der Reaktionen getesteter Modelle automatisch GPRs her. Dazu verwendet Herr Dienert annotierte Genome und verknüpft die Gene mit Reaktionen des Modells unter Verwendung von EC-Nummern, mit denen Reaktionen und Gene oft annotiert sind. Die Methode wurde in Java™️ implementiert unter Verwendung der Bibliothek JSBML.
Die durch seine Arbeit gelieferten Ergebnisse bilden einen wertvollen Ausgangspunkt für Modellrekonstruktionen in künftigen Projekten.