18.05.2021

Automatisierte Erweiterung des Modells zu C. striatum

Famke Bäuerle hat eine Vorlage für Rekonstruktionen implementiert und auf C. striatum als Forschungsprojekt angewendet.

In den letzten Jahren wurden immer mehr multiresistente Stämme von Corynebacterium striatum im klinischen Umfeld gefunden. Aufgrund der Antibiotikaresistenz und anderer Mechanismen können diese Bakterien zu Krankheiten wie Lungenentzündung und chronisch obstruktiver Lungenerkrankung führen. Daher kann jeder Hinweis darauf, wie diese Bakterien funktionieren, helfen, Krankheiten zu verhindern, insbesondere bei immungeschwächten Patienten. Basierend auf einem früheren Modellentwurf von Tanja Urz arbeitete Famke Bäuerle an dem weiter verfeinerten genomweiten Stoffwechselmodell von C. striatum. Mit Wachstumssimulationen auf verschiedenen Medien untersuchte Frau Bäuerle das Verhalten von C. striatum in verschiedenen Milieus.

Die Weiterentwicklung genomskaliger Stoffwechselmodelle erfordert viel manuelle Kurationsarbeit. Einige dieser Aufgaben können jedoch durch ergänzende Skripte abgekürzt oder sogar automatisiert werden. Im zweiten Teil dieses Forschungsprojekts arbeitete Famke Bäuerle an der Automatisierung der Präzisierungen. Es wurde eine Sammlung von Python-Skripten entwickelt, die von allen Gruppenmitgliedern genutzt und erweitert werden können. Diese Skripte decken grundlegende Analysen ab, wie z. B. Zahlen, die immer in Publikationen einfließen und Wachstumssimulationen der von den Gruppenmitgliedern gesammelten Mediendefinitionen. Alle Skripte wurden in einem Python-Modul namens refinegems gesammelt und in einem GitHub-Repository gespeichert.