14.06.2022

Erstes Stoffwechselmodell zu Proteus vulgaris FDAARGOS_1507 (DSM 46228)

Manuel Harke rekonstruiert im Rahmen der Masterarbeit das erste genomweite Stoffwechselmodell von Proteus vulgaris.

P. vulgaris ist ein gramnegatives, fakultativ anaerobes Bakterium. Es wurde erstmals 1885 aufgrund seiner Schwarmfähigkeit und seiner Beteiligung an der Fäulnis entdeckt. Seitdem hat man festgestellt, dass P. vulgaris ein Kommensale verschiedener Mikrobiome im menschlichen und tierischen Körper ist. Das Bakterium wird als opportunistisches Pathogen eingestuft und kann zu zahlreichen Infektionen führen.

Um die Stoffwechselprozesse besser zu verstehen und die Frage zu beantworten, welche Stoffwechselprodukte für das Wachstum des Bakteriums wichtig sind, hat Manuel Harke in seiner Masterarbeit das erste Stoffwechselmodell von P. vulgaris rekonstruiert. Die Rekonstruktion und Auswertung erfolgte mit verschiedenen Programmen und selbstgeschriebenen Skripten.

Das Modell simuliert das Wachstum auf verschiedenen Medien, wie dem künstlichen Nasensekretmedium SNM3 und einem künstlichen Urinmedium. Diese Medien wurden minimiert, um die wesentlichen Metaboliten zu identifizieren, und ihre jeweiligen Komponenten wurden rekombiniert. Dieser Prozess führte zu sieben verschiedenen minimalen Komponentenzusammensetzungen.

Das Modell wurde in die BioModels-Datenbank hochgeladen und soll bei Publikation unter folgendem Zugriffscode freigegeben weden: www.ebi.ac.uk/biomodels/MODEL2205300001.