22.08.2022

Genomskaliges Stoffwechselmodell zu Acinetobacter baumannii

Yufan Xia erstellte und validierte ein Modell des Stammes ATCC 17978 unter Berücksichtigung früherer Modelle

Acinetobacter baumannii gehört zu den gramnegativen, streng aeroben Bakterien, die auch beim Menschen zu den opportunistischen Krankheitserregern gehören können. Seit seiner Entdeckung hat es schwere Infektionen verursacht, vor allem in Gesundheitseinrichtungen. Große Aufmerksamkeit hat es auch wegen seiner Wechselwirkung mit SARS-CoV-2 erregt, die drastische Folgen auf Intensivstationen hat. Aufgrund der zunehmenden Antibiotikaresistenz und der hohen Sterblichkeitsrate von A. baumannii wird er seit 2019 von den US-amerikanischen Gesundheitsbehörden (Centers for Disease Control and Prevention) als dringende Gefahr eingestuft. In ihrer Bachelorarbeit erstellte Yufan Xia ein hoch standardisiertes und gut annotiertes genomskaliges Stoffwechselmodell (GEM) von A. baumannii ATCC 17978 hilft bei der Identifizierung der Gene, die für seine Virulenzfaktoren erforderlich sind. Sie analysierte das Modell anhand der derzeit verfügbaren experimentellen Daten von bestehenden Gentests und konnte es anhand bekannter Kohlenstoff- und Stickstoffquellen verifizieren. Mit diesem Modell können Interaktion zwischen A. baumannii mit anderen Bakterien und seine Reaktion auf Medikamente effizient in silico (also im Rechner) simuliert werden. Das Modell gibt auch Einblicke in vielfältige Stoffwechselprozesse in A. baumannii ATCC 17978.