24.03.2022

Neues Computermodell von Finegoldia magna ATCC 29328

Ein neues genomisches Stoffwechselmodell von Finegoldia magna wurde von Josua Carl im Rahmen einer Bachelorarbeit erstellt.

Finegoldia magna, ein grampositiver, anaerober Kokkus (GPAC), ist ein Bakterium von klinischem Interesse aufgrund seiner zahlreichen möglichen Infektionsherde im menschlichen Körper und seiner Vielzahl von Virulenzfaktoren. Darüber hinaus gehört es zu den pathogensten Arten unter den GPACs. Das Bakterium ist häufig die Ursache für gefährliche Infektionen, da es als Kommensale auf der menschlichen Haut und den Schleimhäuten lebt. In der Hoffnung, das Verständnis von F. magna, insbesondere im nasalen Milieu, zu erweitern, wurde von Josua Carl in seiner Bachelorarbeit ein genomskaliges Stoffwechselmodell (GEM) entworfen, kuratiert und evaluiert. Dazu setzte Josua Carl verschiedene Programme und selbst implementierte Methoden ein, die er auf github.com/JosuaCarl/Script_Assisted_Modeling zur Verfügung stellte. Mit dem daraus resultierenden Modell simulierte er das Wachstum auf dem synthetischen nasalen Medium drei (SNM3) und in den Minimalmedien, um die erforderliche Umgebung besser zu verstehen.