05.05.2020

Tabellarischer Editor für systembiologische Modelle

Marietta Hamberger entwickelte einen Tabelleneditor für das SBTab-Format als InSilico-Plugin.

Während ihres Forschungsprojekts hat Marietta Hamberger das von Robert Deibel initiierte Plugin namens SBMLSheets für das InSilico-Projekt weiterentwickelt und neu konzipiert.

Da das in der Systembiologie häufig verwendete Datei-Format SBML auf XML basiert und somit nicht für jeden Nutzer intuitiv zugänglich ist, verfolgt das SBTab-Projekt den Ansatz, die in SBML enthaltenen Informationen tabellarisch darzustellen. SBTab-Dateien halten sich an bestimmte Spezifikationen und Tabellendefinitionen. Dadurch muss man sich dennoch in die SBTab-Dokumentation einlesen, um korrekt formatierte Dokumente erstellen zu können.

Um diesen Prozess zu vereinfachen, wurde eine Benutzeroberfläche entwickelt für die Erstellung, Modifizierung und Konvertierung von SBTab-Dokumenten. Der Tabelleneditor unterstützt den Import und Export von Daten (CSV, TSV und TAB formatiert), die Konvertierung der Tabellen in SBTab- und SBML-Dokumente sowie weitere nützliche Funktionen. Bisher sind drei Tabellentypen (Compound, Compartment und Reactions) abgedeckt. Zukünftig soll SBMLSheets jedoch vervollständigt werden, um alle Tabellentypen und eine komplette SBML Konvertierung zu gewährleisten.