17.05.2018

Validierung und Simulation of qualitativer Modelle in Java™

Die Java-Bibliothek JSBML wurde um ein Paket für logische Modellierung erweitert.

In Ihrer Bachelorarbeit erweiterte Lisa Falk die weitverbreitete Bibliothek JSBML um ein Paket zur Repräsentation logischer Modelle. Damit können nun auch Boolesche Modelle, Petri-Netze und vieles mehr verarbeitet werden. Um die syntaktische Korrektheit der Modelle zu gewährleisten, implementierte Lisa Falk die nötigen Validierungsregeln. In Zusammenarbeit mit Prof. Claudine Chaouiya gelang es außerdem, automatisch Gleichungen für Funktionsterme herzuleiten und in SBMLsqueezer einzubauen. Damit können logische Modelle nun teilweise automatisch erstellt werden. Die Arbeit wurde in enger Zusammenarbeit mit Nicolas Rodriguez erstellt, und baut auf den Ergebnissen von Roman Schultes Projekt im Google Summer of Code 2016 auf.