Alumni
Ehemalige Mitarbeiter und Studenten der Arbeitsgruppe
Postdoktoranden
Dr. Martina Feierabend
Postdoktorandin
Dr. Bashir Sajo Mienda
Dozent für Systembiologie
Biotechnologe
Mitarbeit: September 2020 bis Februar 2021
Weitere Informationen
Wissenschaftliche Mitarbeiter
Dr. rer. nat. Alina Renz
M.Sc. in Bioinformatik
Mahdi Sadeghi
MSc in Informatik
Sand 14 ⋅ Raum C107
72076 Tübingen
+49-7071-29-70452
+49-7071-29-5152
mahdi.sadeghi@uni-tuebingen.de
Mitarbeit
Dezember 2019 bis Mai 2020
Projekt
Thorsten Tiede
MSc in Bioinformatik
Sand 14 ⋅ Raum C107
72076 Tübingen
+49-7071-29-70452
+49-7071-29-5152
thorsten.tiede@gmail.com
Mitarbeit
Dezember 2019 bis April 2020
Projekt
Weitere Informationen
Thomas M. Hamm
Diplom Biologe (t.o.)
Mitarbeit
November 2016 bis November 2019
Weitere Informationen
Gastdoktorandinnen
Fatma Ece Altınışık Kaya
M.Sc. in Bioingenieurwesen
Mitarbeit: November 2022 bis Dezember 2023
Kontakt
fatma-ece.altinisik-kaya@student.uni-tuebingen.de
Weitere Informationen
Wissenschaftliche Hilfskräfte
Anna Lefarova
These
Mitarbeit: Januar bis September 2023
Abschluss: 23. Mai 2023
Mentorin
Kontakt
Catalina S. Schlotterer
B.Sc. in Bioinformatik
Dario Eltzner
B.Sc. in Bioinformatik
Mitarbeit: Mai 2022 bis August 2022
Weitere Informationen
Kontakt
Eike Pertuch
B.Sc. in Bioinformatik
Mitarbeit: April 2020 bis Juli 2022
These
Modellierung und Visualisierung von spezifischen Resistenzmechanismen in Pseudomonas aeruginosa
Abschluss: September 2019
Finn Mier
B.Sc. in Bioinformatik
Mitarbeit: seit August 2021 bis Februar 2022
Arbeit am Rekonstruktion von Corynebacterium Tuberculostearicum
Mentorin
Manuel Glöckler
B.Sc. in Bioinformatik
Mitarbeit: seit September 2020 bis Februar 2022
Arbeit am Modell der mikrobiellen Lebensgemeinschaft von D. pigrum und S. aureus
Mentorin
Theresa Störiko
B.Sc. in Bioinformatik
Mitarbeit: seit September 2021 bis Januar 2022
Arbeit am Rekonstruction von Corynebacterium accolens
Mentorin
Leon van Ess
B.Sc. in Bioinformatik
Mitarbeit: seit September 2021 bis Januar 2022
Arbeit am Rekonstruktion von Corynebacterium accolens
Mentorin
Oskar Wacker
Bioinformatik-Master
Mitarbeit: seit September 2020 bis April 2021
Arbeit am Modell der mikrobiellen Lebensgemeinschaft von H. influenzae und S. aureus
Mentorin
Constantin Holzapfel
Studienfach: Bioinformatik
These
Verteidigung:
15. September 2020 um 11:30 per Zoom
Mitarbeit:
Januar und Februar 2021
Najia Ahmadi
Medizinalinformatik-Master
Mitarbeit: September 2020 bis November 2020
Arbeit am Modell der mikrobiellen Lebensgemeinschaft von S. epidermidis und S. aureus, M. catarrhalis und S. aureus
Mentorin
Anastasiia Grekova
Studienfach: Bioinformatik
These
Rekonstruktion und Analyse von Staphylococcus epidermidis
Verteidigung:
16. Juni 2020
Mitarbeit
März 2020 bis September 2020
Weitere Informationen
Thomas J. Zajac
Bioinformatik-Bachelor
Mitarbeit:
- Mai 2016 bis Februar 2018
- seit November 2019
Weitere Informationen
Onur Özel
David E. Vetter
Studienfach:
Bioinformatik
Mitarbeit:
Oktober 2019 bis April 2020
Weitere Informationen
Maria E. Heitmeier
Studienfach:
Kognitionswissenschaft
Mitarbeit:
April bis August 2019
Weitere Informationen
Anton J. Rabe
Studienfach:
Kognitionswissenschaft
Mitarbeit:
Seit November 2018
Weitere Informationen
Christoph Blessing
Bioinformatik-Bachelor
Mitarbeit:
November 2017 bis Februar 2018
These
Development of an interactive graphical editor for systems biology models
Abschluss: September 2017
Weitere Informationen
Veronika Kohler
Masterstudenten
Famke Bäuerle
B.Sc. in Bioinformatik
These
Rekonstruction von Corynebacterium striatum KC-Na-01
Mitarbeit seit: November 2020
Abschluss: Mai 2023
Mentoren
Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Dr. Simon Heilbronner
Kontakt
famke.baeuerle@student.uni-tuebingen.de
Weitere Informationen
Manuel O. Harke
Studienfach: Bioinformatik
Mitarbeit: September 2020 bis November 2020 und Oktober 2021 bis Dezember 2021
Arbeit am Dynamische Modell der mikrobiellen Lebensgemeinschaft
Mentorin
Thesen
Visuelle Analyse klinischer Multiomikdaten in biologischen Netzwerken
Kobetreuer der These: Jun.-Prof. Dr. Michael Krone
Abschluss: 19. November 2019 um 10 Uhr c.t. in C109
Rekonstruktion eines metabolischen Modells von Proteus vulgaris
Weitere Informationen
Austėja Sungailaitė
B.Sc. in Molekularbiologie
These
Rekonstruktion eines metabolischen Modells von Staphylococcus lugdunensis
Mentor
Abschluss: Dezember 2021
Weitere Informationen
Tanja Urz
Studienfach: Molekulare Medizin
Forschungsprojekt
Rekonstruktion von Corynebacterium striatum
Verteidigung:
2. Juni 2020
Marietta Hamberger
B.Sc. in Computerlinguistik
Forschungsprojekt
Graphischer Editor für systembiologische Modelle
Verteidigung:
5. Mai 2020
Weitere Informationen
Lina Widerspick
Studienfach: Molekulare Medizin
Forschungsprojekt
Rekonstruktion von Dolosigranulum pigrum
Verteidigung:
16. März 2020
Pia Rautenstrauch
Studienfach: Bioinformatik
Forschungsprojekt
Rekonstruktion von Moraxella catarrhalis BBH18
Verteidigung:
10. September 2019, 10:45 Uhr in C118a
Silvia Morini
Studienfach: Biologie
These
Genome-scale metabolic network reconstruction of the pathogen Treponema pallidum ssp. pallidum
Abschluss: September 2018
Weitere Informationen
Marc Alexander Voigt
Studienfach: Bioinformatik
These
Representation of ME-models in SBML
Abschluss: Juni 2018
Weitere Informationen
Bachelorstudenten
Sophia Krappen
Thema
Entschlüsselung des Stoffwechsels von Staphylococcus warneri durch Systembiologie
Mitarbeit : November 2023 - März 2024
Mentorin
Kontakt
sophia.krappen@student.uni-tuebingen.de
Weitere Informationen
Selin Sahin
Studienfach: Bioinformatik
These
Rekonstruktion eines genome-scaligen metabolischen Netzwerks von Staphylococcus lugdunensis N920143
Mitarbeit: April bis September 2022
Mentoren
Nantia Leonidou, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Kontakt
selin.sahin@student.uni-tuebingen.de
Meike Lips
Studienfach: Bioinformatik
These
Ein genomskaliges Stoffwechselmodell für Klebsiella pneumoniae HS11286
Mitarbeit: Mai bis August 2022
Abschluss: 22. August 2022
Mentoren
Nantia Leonidou, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Kontakt
Yufan Xia
Studienfach: Bioinformatik
These
Genomskalige Stoffwechselmodellierung von Acinetobacter baumannii ATCC 17978
Mitarbeit seit: März 2022
Abschluss: 22. August 2022
Mentoren
Nantia Leonidou, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Kontakt
yufan.xia@student.uni-tuebingen.de
Weitere Informationen
Josua Carl
Studienfach: Bioinformatik
These
Erforschung von Finegoldia magna ATCC 29328 in seiner nasalen Umgebung
Mitarbeit seit: September 2021
Voraussichtlicher Abschluss: Februar 2022
Mentorin
Kontakt
josua.carl@student.uni-tuebingen.de
Weitere Informationen
Jan-Philipp Leusch
Studienfach: Bioinformatik
These
Rekonstruction von Corynebacterium simulans PES1
Mitarbeit seit: May 2021
Voraussichtlicher Abschluss: September 2021
Mentorin
Kontakt
Elisabeth Fritze
Studienfach: Bioinformatik
These
Automatisierte Zuweisung von SBO-Ausdrücken
Voraussichtlicher Abschluss:
September 2020
Weitere Informationen
Ebru Cobanoglu
Studienfach: Medizininformatik
These
Optimiertes Layouting biologischer Netzwerke für vergleichende visuelle Analyse
Verteidigung:
2. Juni 2020
Kontakt
Manuel Dienert
Studienfach: Bioinformatik
These
Herleitung von Gen-Protein-Reaktionsregeln
Verteidigung:
5. Mai 2020
Weitere Informationen
Niklas Henle
Studienfach: Informatik
These
Erweiterung des genomskaligen Modells von Haemophilus influenzae
Abschluss: September 2019
Weitere Informationen
Mykola Zakharchuk
Studienfach: Informatik
These
Entwicklung eines Plugins für das Insilico-Framework zur visuellen Analyse von Simulationen biologischer Systeme
Abschluss: Juni 2019
Forschungsprojekt
What makes a review helpful or funny?
Mentoren:
Markus Viggiato, Prof. Dr. Cor-Paul Bezemer, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Abschluss: November 2019
Weitere Informationen
Robert Deibel
Studienfach: Bioinformatik
These
Entwicklung eines Editors für großskalige biochemische Modelle
Abschluss: März 2019
Weitere Informationen
Lisa Falk
Studienfach: Bioinformatik
These
Valiation and Simulation of Qualitative Models
Abschluss: Februar 2018
Weitere Informationen
Lea F. Buchweitz
Studienfach: Kognitionswissenschaft
These
Dynamic visualization of metabolic networks
Abschluss: September 2017
Weitere Informationen
Externe Studenten
Mehrere Softwareprodukte der Arbeitsgruppe werden wiederholt durch die Programme Google Summer of Code sowie der NRNB Academy gefördert. Dadurch können immer wieder internationale Studenten in das Team eingebunden werden, um aktiv an der Entwicklung quelloffener Software mitzuwirken.
Google Summer of Code 2020
Hemil Panchiwala
Studienfach: Informatik und Ingenieurwesen (B. Tech.)
Affiliation: Indian Institute of Technology, Roorkee, Indien
Projekt
Simulation systembiologischer Modelle in Java™: Unterstützung neuer Funktionen
Mitarbeit: Mai bis September 2020
Mentoren
Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Dr. Matthias König, Mykola Zakharchuk und Shalin Shah
Weitere Informationen
Projekt-Blog
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Hemant Yadav
Studienfach: Informatik und Ingenieurwesen (B. Tech.)
Affiliation: Indian Institute of Technology, Roorkee, Indien
Projekt
Kontakt: hemant@cs.iitr.ac.in
Mitarbeit: Mai bis September 2020
Mentoren
Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Dr. Matthias König, Lucian P. Smith und Sarah M. Keating
Weitere Informationen
Projekt-Blog
GitHub-Profil
LinkedIn-Profil
Twitter-Kanal
Medium-Link
Google Summer of Code 2019
Nikhil Ghodke
Studienfach: Technische Informatik (B.Sc.)
Affiliation: Vishwakarma Institute of Technology, Pune
Projekt
Erstellsystem für das Plugin-Framework “InSilico”
Quellcode auf GitHub
Mitarbeit: April bis September 2019
Mentoren
Roman Schulte, Jun.-Prof. Andreas Dräger
Weitere Informationen
Kaustubh Trivedi
Studienfach: Informatik und Ingenieurwesen (B. Tech.)
Affiliation: Indian Institute of Technology, Roorkee
Projekt
Erweiterung von ModelPolisher zu einem universellen Annotationswerkzeug für systembiologische Modelle
Quellcode auf GitHub
Mitarbeit: April bis September 2019
Mentoren
Jun.-Prof. Andreas Dräger,
Thomas J. Zajac, Dr. Matthias König
Weitere Informationen
Bhavye Jain
Studienfach: Informatik und Ingenieurwesen (B. Tech.)
Affiliation: Indian Institute of Technology, Roorkee
Projekt
Validierung räumlicher Modelle der Systembiologie in Java™
Quellcode auf GitHub
Mitarbeit: April bis September 2019
Mentoren
Nicolas Rodriguez, Thomas M. Hamm und Lucian P. Smith, Ph.D.
Weitere Informationen
Google Summer of Code 2018
Shalin Shah
Angestreber Abschluss: Ph.D.
Affiliation: Duke-Universität, Abteilung für Elektro- und Rechnertechnik, NC, USA
Projekt
Simulation systembiologischer Modelle in Java™
Mitarbeit: April bis August 2018
Mentoren
Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger und Dr. Matthias König
Weitere Informationen
Google Summer of Code 2017
Takahiro G. Yamada
Aktuelle Position: wissenschaftlicher Mitarbeiter
Affiliation: Keio-Universität, Institut für Biowissenschaften und Informatik
Projekt
Mitarbeit: April bis August 2017
Mentoren
Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Kaito Ii und Dr. Matthias König
Weitere Informationen
Google Summer of Code 2016
Roman Schulte
Studienfach: Informatik
These
InSilico - Concept of a Modular Research Environment
Abschluss: August 2018
Projekt im Google Summer of Code 2016
Mentoren:
Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Dr. Sarah M. Keating, Dr. Michael Hucka und Nicolas Rodriguez
Mitarbeit: Mai bis August 2016
Weitere Informationen
Tramy Nguyen
Position: wissenschaftliche Mitarbeiterin
Affiliation: Universität von Utah zu Salt Lake City, UT, USA
Projekt
Interconversion between the systems biology modeling formats SBML and BioPAX
Mitarbeit: Mai bis August 2016
Mentoren
Dr. Michael Hucka, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Prof. Dr. Chris J. Myers, Prof. Dr. Akira Funahashi und Nicolas Rodriguez
Weitere Informationen
Hovakim Grabski
Position: wissenschaftlicher Mitarbeiter
Affiliation: Russisch-Armenische Universität zu Jerewan, Armenien
Projekt
Java support for Deviser, a code generation system for SBML libraries
Mitarbeit: May bis August 2016
Mentoren
Dr. Frank T. Bergmann, Dr. Sarah M. Keating, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger und Nicolas Rodriguez
Weitere Informationen
Kaito Ii
Position: wissenschaftlicher Mitarbeiter
Affiliation: Keio-Universität, Institut für Bioswissenschaften und Informatiks, Japan
Projekt
Interconvertible Layout software for CellDesigner
Mitarbeit: Mai bis August 2016
Mentoren
Prof. Dr. Akira Funahashi, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Nicolas Rodriguez und Dr. Michael Hucka
Weitere Informationen
Devesh Khandelwal
Studienfach: Informationstechnologie und Mathematik
Affiliation: Universität Delhi, Delhi, Indien
Projekt
Mitarbeit: Mai bis August 2016
Mentoren
Zachary A. King und Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger