University Library

Bioinformatics DATa ENvironment (BioDATEN)

Laufzeit: 2019-2024

Förderung: Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst Baden-Württemberg

Beteiligte Einrichtungen:
Zentrum für Datenverarbeitung Universität Tübingen (ZDV)
Rechenzentrum Universität Freiburg (RUF)
Deutsches Krebsforschungszentrum Heidelberg (DKFZ)
Institut für Computational Biomedicine, Universität Heidelberg (BioQuant)
European Molecular Biology Laboratory (EMBL)
Zentrum für Quantitative Biologie Tübingen (QBiC)
Kommunikations-, Informations-, Medienzentrum der Universität Konstanz (KIMKN)
Universitätsbibliothek Tübingen (UBTÜ)
CLARIN Center Tübingen (CLARIN-D)
Zentrum für Biosystemanalyse Universität Freiburg (ZBSA)
Mikrobielle Ökologie bei Nutztieren Universität Hohenheim (UHOH)
Max-Planck-Institut für Ornithologie Radolfzell/Konstanz (MPIO)
Plant Biotech Lab Universität Freiburg (PBLF)
Neurologie Universität Ulm (ZBMF)

BioDATEN ist ein Projekt, das zusammen mit mehreren Einrichtungen des Landes und unter der Federführung des ZDV Tübingen im Rahmen der Ausschreibung der Science-Data-Center des Ministeriums für Wissenschaft, Forschung und Kunst Baden-Württemberg mit dem Ziel initiiert wurde, eine Verarbeitungs- und Prozessierungsumgebung, eine oder mehrere Archivierungsumgebungen und Nachweis und Zugriffssysteme für unterschiedliche tierische Genomdaten in Baden-Württemberg zu schaffen. Diese Science-Data-Center-Ausschreibung konnte als Vorbereitung für die Aktivitäten der antragswilligen Einrichtungen Baden-Württembergs im Rahmen der Nationalen Forschungsdateninfrastruktur (NFDI) interpretiert werden Die UB war im Rahmen des Projektes unter anderem für das Thema Metadaten, rechtliche Fragestellungen und Nachweis von Forschungsdaten verantwortlich. Außerdem wurden durch die UB Tübingen einige Open Source Tools für die Annotierung und Auszeichnung von Forschungsdaten entwickelt.

Veröffentlichungen aus den UB-Arbeitspaketen, bzw. unter Beteiligung der UB:
github.com/ubtue/BioDATEN-Minimalschema BioDATEN-Minimalschema

doi.org/10.11588/HEIBOOKS.979.C13749
books.ub.uni-heidelberg.de/heibooks/catalog/book/1288/chapter/18088
doi.org/10.3384/ecp1806
www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19386389.2024.2338314

Software für das Projekt aus der UB: 
github.com/ubtue/BioDATEN-Metadata-Annotation-Tool Annotations-Tool
github.com/ubtue/BioDATEN-Metadata-Annotation-Backend Annotations-Backend
github.com/ubtue/BioDATEN-Metadata-XSLT-Processor XSLT-Processor