26.06.2018

Modellierung von Metabolismus- und Genexpression in SBML

Ersten Entwurf für einen einheitlichen Standards zum Speichern von ME-Modellen in SBML entwickelt.

In seiner Masterarbeit legte Marc Alexander Voigt den Grundstein für einen einheitlichen Standard zur Beschreibung von ME-Modellen im Dateiformat SBML. Dies sind systembiologische Modelle, die Stoffwechsel mit Effekten der Genexpression in Verbindung setzen. Lange Zeit konnten diese Prozesse nur getrennt voneinander beschrieben werden. Als endlich Modelle entwickelt wurden, die beides miteinander verbanden, fehlte es an einem geeigneten Format für den Datenaustausch zwischen verschiedenen Simulatoren. Die Arbeit fand in enger Kooperation mit Kollegen der Universität von Kalifornien zu San Diego statt und auch in Absprache mit Kollegen aus Paris und Luxemburg.