Während die Orientalistik sich schon seit Jahrhunderten zu den Forschungsschwerpunkten der Universität Tübingen zählen darf, ist die Begründung des Faches Ägyptologie an der Universität Tübingen eine Entwicklung der jüngsten Zeit. Sie ist mit dem Namen Hellmut Brunners verbunden: Ab 1951 war er nämlich Dozent für Ägyptologie an der Universität Tübingen. 1956 wurde er dann zum außerplanmäßigen, 1960 zum außerordentlichen und 1964 zum ordentlichen Professor für Ägyptologie ernannt. Brunner legte zusammen mit seiner Frau Emma Brunner-Traut auch den Grundstock für das ägyptische Museum, das sich heute im Schloss Hohentübingen befindet, und die wichtigste Sammlung ägyptischer Altertümer in Württemberg darstellt (https://www.unimuseum.uni-tuebingen.de/de/sammlungen/aegyptische-sammlung.html). Er war maßgeblich an der Initiation des Projektes Tübinger Atlas des Vorderen Orients (TAVO) beteiligt. Zudem geht der Aufbau der Tübinger Institutsbibliothek auf ihn zurück, die heute dank kontinuierlicher Pflege und umfänglicher Neuanschaffungen zu den besten in Deutschland zählt.
Die erste Assistenz am neugegründeten Lehrstuhl hatte Schafik Allam inne. Er kam 1961 nach Tübingen, habilitierte sich 1968 und wurde 1974 in Tübingen zum Professor für Ägyptologie ernannt. Im selben Jahre wurde Ingrid Gamer-Wallert, die wie Allam zunächst am TAVO mitarbeitete, zur außerplanmäßigen Professorin ernannt und lehrte seit 1978 bis zu ihrer Versetzung in den Ruhestand als Professorin für Ägyptologie am Ägyptologischen Institut der Universität. Von 1990 bis 1994 war sie Vizepräsidentin der Universität Tübingen. Waltraud Guglielmi, eine Schülerin Brunners, übernahm ab 1970 die Assistenz in Tübingen, wo sie 1978 habilitierte. 1991 wurde sie außerordentliche Professorin an der Eberhard-Karls-Universität. Farouk Gomaa gehörte nach einer langjährigen Mitarbeit im TAVO-Projekt (1972-1993) ebenfalls zu den festen Mitarbeitern am Institut. Karola Zibelius-Chen, zunächst auch Mitarbeiterin im TAVO-Projekt, ist u.a. die Konzeption der Dauerausstellung des Ägyptologischen Institutes im Rahmen des Museums Schloss Hohentübingen zu verdanken, welche die Basis der heutigen Ausstellung bildet. Zibelius-Chen war von 1994 bis zur Pensionierung 2005 Kustodin der Ägyptischen Sammlung.
Nach Brunners Emeritierung im Jahre 1978 folgte ihm Wolfgang Schenkel nach, der vom Wintersemester 1978/79 bis 2002 ordentlicher Professor für Ägyptologie war. Von 2002 bis 2004 leitete übergangsweise Karola Zibelius-Chen das Ägyptologische Institut der Universität Tübingen. Seit dem 1. April 2004 ist Christian Leitz Ordinarius und Professor für Ägyptologie.
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