Rechnerbasierte Systembiologie

Rechnerbasierte Systembiologie der Infektionen

und antimikrobiell-resistenten Krankheitserreger

Dieses Bild zeigt die Systembiologie-Gruppe im November 2022

Willkommen bei der Arbeitsgruppe Dräger!

Die Dräger-Forschungsgruppe (gegründet im Juli 2018) wendet computergestützte Systembiologie an, wobei der Schwerpunkt auf Infektionen und antimikrobiell resistenten Erregern liegt. Die Forschungsarbeiten umfassen alle Schritte vom biologischen Phänomen bis zu seiner Simulation im Rechner, einschließlich der Rekonstruktion biologischer Systeme, ihrer mathematischen Modellierung, der Standardisierung dieser Modelle, der Entwicklung spezialisierter Softwarelösungen sowie der Anwendung maschinellen Lernens und Datenvisualisierung. Die Ableitung modellgestützter neuer Hypothesen zur systematischen Bekämpfung der zunehmenden Antibiotikaresistenz gilt als vorrangiges Ziel.

Umgezogen nach Halle (Saale)

Diese Arbeitsgruppe setzt ihre Tätigkeiten an der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg in Halle (Saale) fort. Weitere Informationen finden Sie hier.

Systembiologie: Ein kurzer Überblick

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  5. Exploring the metabolic profile of A. baumannii for antimicrobial development using genome-scale modeling
    N. Leonidou, Y. Xia, L. Friedrich, M. S. Schütz und A. Dräger
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  7. Genome-Scale Modeling of Rothia mucilaginosa Reveals Insights into Metabolic Capabilities and Therapeutic Strategies for Cystic Fibrosis
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  9. Metabolic Modeling Elucidates Phenformin and Atpenin A5 as Broad-Spectrum Antiviral Drugs
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    Preprints 2023, 30. November 2023
    [ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ]
  10. Genome-scale metabolic models consistently predict in vitro characteristics of Corynebacterium striatum
    F. Bäuerle, G. O. Döbel, L. Camus, S. Heilbronner und A. Dräger
    Frontiers in Bioinformatics, Section Network Bioinformatics, 23. Oktober 2023.
    [ Details | DOI | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ]
  11. An integrated systems-biology approach reveals differences in formate metabolism in the genus Methanothermobacter
    I. Casini, T. McCubbin, S. Esquivel-Elizondo, G. G. Luque, D. Evseeva, C. Fink, S. Beblawy, N. D. Youngblut, L. Aristilde, D. H. Huson, A. Dräger, R. E. Ley, E. Marcellin, L. T. Angenent, B. Molitor
    iScience, 22. September 2023
    [ Details | DOI | VorabdruckI | PDF | PubMed | BibTeX ]
  12. Can Genome Sequencing Coupled to Flux Balance Analyses Offer Precision Guidance for Industrial Strain Development? The Lessons from Carbon Trafficking in Corynebacterium glutamicum ATCC 21573
    E. Kurpejović, D. Wibberg, G. M. Bastem, A. Burgardt, T. Busche, F. E. A. Kaya, A. Dräger, V. F. Wendisch und B. S. Akbulut
    OMICS: A Journal of Integrative Biology, 14. September 2023.
    [ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ]
  13. Advancements in computational modelling of biological systems: seventh annual SysMod meeting
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    Bioinformatics, 14. September 2023.
    [ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ]
  14. SBOannotator: a Python Tool for the Automated Assignment of Systems Biology Ontology Terms
    N. Leonidou, E. Fritze, A. Renz und A. Dräger
    Bioinformatics, 14. Juli 2023.
    [ Details | DOI | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ]
  15. Standard-GEM: Standardization of open-source genome-scale metabolic models
    M. Anton, E. Almaas, R. Benfeitas, S. Benito-Vaquerizo, L. M. Blank, A. Dräger, J. M. Hancock, C. Kittikunapong, M. König, F. Li, U. W. Liebal, H. Lu, H. Ma, R. Mahadevan, A. Mardinoglu, J. Nielsen, J. Nogales, M. Pagni, J. A. Papin, K. R. Patil, N. D. Price, J. L. Robinson, B. J. Sánchez, M. Suarez Diez, S. Sulheim, L. T. Svensson, B. Teusnik, W. Vongsangnak, H. Wang, A. A. Zeidan, and E. J. Kerkhoven
    BioRxiv, 23. März 2023.
    [ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ]

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