Rechnerbasierte Systembiologie der Infektionen
und antimikrobiell-resistenten Krankheitserreger
Willkommen bei der Arbeitsgruppe Dräger!
Die Dräger-Forschungsgruppe (gegründet im Juli 2018) wendet computergestützte Systembiologie an, wobei der Schwerpunkt auf Infektionen und antimikrobiell resistenten Erregern liegt. Die Forschungsarbeiten umfassen alle Schritte vom biologischen Phänomen bis zu seiner Simulation im Rechner, einschließlich der Rekonstruktion biologischer Systeme, ihrer mathematischen Modellierung, der Standardisierung dieser Modelle, der Entwicklung spezialisierter Softwarelösungen sowie der Anwendung maschinellen Lernens und Datenvisualisierung. Die Ableitung modellgestützter neuer Hypothesen zur systematischen Bekämpfung der zunehmenden Antibiotikaresistenz gilt als vorrangiges Ziel.
Systembiologie: Ein kurzer Überblick
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Neueste Veröffentlichungen
- Genome-scale metabolic models consistently predict in vitro characteristics of Corynebacterium striatum
F. Bäuerle, G. O. Gusak, L. Camus, S. Heilbronner und A. Dräger
BioRxiv, 29. April 2023.
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - New Workflow Predicts Drug Targets Against SARS-CoV-2 via Metabolic Changes in Infected Cells
N. Leonidou, A. Renz, R. Mostolizadeh und A. Dräger
PLOS Computational Biology 19(3): e1010903, 23. März 2023.
[ Details | DOI | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ] - Standard-GEM: Standardization of open-source genome-scale metabolic models
M. Anton, E. Almaas, R. Benfeitas, S. Benito-Vaquerizo, L. M. Blank, A. Dräger, J. M. Hancock, C. Kittikunapong, M. König, F. Li, U. W. Liebal, H. Lu, H. Ma, R. Mahadevan, A. Mardinoglu, J. Nielsen, J. Nogales, M. Pagni, J. A. Papin, K. R. Patil, N. D. Price, J. L. Robinson, B. J. Sánchez, M. Suarez Diez, S. Sulheim, L. T. Svensson, B. Teusnik, W. Vongsangnak, H. Wang, A. A. Zeidan, and E. J. Kerkhoven
BioRxiv, 23. März 2023.
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - SBOannotator: a Python Tool for the Automated Assignment of Systems Biology Ontology Terms
N. Leonidou, E. Fritze, A. Renz und A. Dräger
Preprints, 17. Februar 2023.
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - Genome-scale model of Pseudomonas aeruginosa metabolism unveils virulence and drug potentiation
S. Dahal, A. Renz, A. Dräger und L. Yang
Communications Biology, 6, 165, 10. Februar 2023.
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - Hierarchical modelling of microbial communities
M. Glöckler, A. Dräger und R. Mostolizadeh
Bioinformatics, 17. Januar 2023
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - An integrated systems-biology platform for power-to-gas technology
I. Casini, T. McCubbin, S. Esquivel-Elizondo, G. G. Luque, D. Evseeva, C. Fink, S. Beblawy, N. D. Youngblut, L. Aristilde, D. H. Huson, A. Dräger, R. E. Ley, E. Marcellin, L. T. Angenent, B. Molitor
BioRxiv, 31. Dezember 2022
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - Metabolic Modeling Elucidates Phenformin and Atpenin A5 as Broad-Spectrum Antiviral Drugs
A. Renz, M. Hohner, M. Breitenbach, J. Josephs-Spaulding, J. Dürrwald, L. Best, R. Jami, G. Marinos, F. Cabreiro, A. Dräger, M. Schindler und C. Kaleta
Preprints 2022, 2022100223, 17. Oktober 2022
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - Computational modelling in health and disease. Highlights of the 6th annual SysMod meeting
A. Niarakis, J. Thakar, M. Barberis, M. Rodríguez Martínez, T. Helikar, M. Birtwistle, C. Chaouiya, L. Calzone und A. Dräger.
Bioinformatics, 22. September 2022.
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - Towards the human nasal microbiome: simulating D. pigrum and S. aureus
R. Mostolizadeh, M. Glöckler und A. Dräger
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology 2022, 15. August 2022
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - FluxomicsExplorer: Differential visual analysis of flux sampling based on metabolomics
C. Holzapfel, M. Hoene, X. Zhao, C. Hu, C. Weigert, A. Nieß, G. Xu, R. Lehmann, A. Dräger und M. Krone
Computers & Graphics, 29. August 2022
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ]