An der Universität Tübingen arbeiten rund 2.200 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter daran, optimale Rahmenbedingungen für Forschung, Studium und Lehre zu gewährleisten. Die Universitätsleitung besteht aus der Rektorin, zwei Prorektorinnen, einem Prorektor und dem Kanzler, der die zentrale Verwaltung leitet. Die Stabsstellen der Universität sind dem Rektorat oder dem Kanzler direkt untergeordnet.
Wichtige Organe für die Entwicklung der Universität sind der Universitätsrat und der Senat. Der Universitätsrat besteht aus sieben externen und vier internen Mitgliedern, die auch die Geschäftsführung des Rektorats beaufsichtigen. Mitglieder des Senats sind neben dem Rektorat, den Dekaninnen und Dekanen der Fakultäten und der Gleichstellungsbeauftragten gewählte Beschäftigte und Studierende der Universität Tübingen.
Darüber hinaus unterstützen verschiedene Ausschüsse und Kommissionen die fachliche Arbeit des Rektorats und der Gremien durch fachbereichsspezifische oder außeruniversitäre Expertise:
Daneben gibt es eine Vielzahl an weiteren Einrichtungen, die zur Organisation der Universität gehören.