Es gibt Konflikte, die sich weder der Verfahrensordnung zum Umgang mit Fehlverhalten in der Wissenschaft noch sonst einem etablierten Verfahren an der Universität zuordnen lassen. Dazu gehören mögliche Angriffe auf Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler, etwa aufgrund öffentlicher Äußerungen oder wegen als unerwünscht angesehener Forschungsrichtungen oder Forschungsmethoden.
In diesen Fällen sind die Ombudspersonen der Fakultäten für Forschende unserer Universität ansprechbar. Dies ist gedacht als „niederschwelliges" Angebot, sich an Ansprechpersonen aus den jeweiligen Wissenschaftsbereichen zu wenden. Bei schwer wiegenden Angriffen, die eine Straftat darstellen (Bedrohung, Beleidigung, physische Gewalt) sollte sich der oder die Betroffene immer zusätzlich an die Polizei wenden sowie das Rektorat der Universität informieren.
Darüber hinaus gibt es eine Kommission „Konfliktmediation an der Universität Tübingen“, die vor allem bei Konflikten zwischen Beschäftigten beziehungsweise zwischen Beschäftigten und Studierenden der Universität angerufen werden kann. Die Mitglieder der Kommission unterstützen beratend, um Konflikten vorzubeugen oder bestehende Konflikte zu entschärfen.